Control externo
- Contraloría General de la República (Control Fiscal)
- Contaduría General de la Nación (Control Interno Contable)
- Procuraduría General de la Nación (Control Disciplinario)
- Departamento Administrativo de la Función Pública (Desarrollo Administrativo y Modernización Institucional)
Control Interno
- Oficina Asesora de Control Interno de Unicauca
- Grupo de Control Disciplinario: se encarga de conocer, en primera instancia, las acciones disciplinarias contra los servidores universitarios. Está integrado por el Vicerrector Administrativo, la Profesional Especializada de la División de Recursos Humanos y un Profesional Universitario de esta misma dependencia.