La Unidad de Microscopía Electrónica fue creada en 1989 en el plan de Reconstrucción de la Universidad del Cauca, posterior al terremoto de Popayán en 1983. Desde su inicio ha realizado actividades en docencia, investigación y prestación de servicios tanto a la academia como a la comunidad en general por medio de diagnóstico patológico, mismo que fue suspendido con la aprobación de la LEY 100, y facilitando el uso de su infraestructura para cursos de extensión.

En la actualidad este laboratorio mantiene su actividad en docencia, investigación y prestación de servicios en ciencias básicas, a la comunidad universitaria regional y del país, se apoyan y generan proyectos en nanotecnología, caracterización de muestras biológicas y de biomateriales. Este laboratorio cuenta con una infraestructura para microscopía óptica de alta resolución con sistema de análisis de imágenes, microscopia electrónica de transmisión y de barrido; infraestructura que a través del tiempo se ha estado fortaleciendo y actualizando mediante proyectos de investigación y de Fortalecimiento de Laboratorios de Ensayo, financiados por el Ministerio de Ciencias y Sistemas General de Regalías. Su talento humano cuenta con un alto nivel de formación de Doctorado y experiencia el cual orienta y apoya la investigación en programas académicos de pregrado y postgrado de Biología, Química, Física y Ciencias Agrarias.