La Facultad de Ciencias Agrarias (FACA) trabaja por ser reconocida por la alta calidad de sus programas, como formadora de talento humano con capacidad de liderar procesos, articulados al entorno regional, nacional e internacional. Tiene una sede principal en el sector de la Vereda Las Guacas al norte de la ciudad de Popayán, la Sede de la Ciudadela Universitaria en el Municipio de Santander de Quilichao, donde funciona el programa de Ingeniería Agroindustrial, así como dos espacios académicos y experimentales La Sultana y La Rejoya, donde se realizan actividades prácticas, de investigación, extensión e interacción social.