La Universidad tiene sus raíces en el Seminario Mayor de Popayán fundado entre 1609 y 1617, establecimiento educativo de primer orden en los tiempos coloniales que funcionó en el Claustro de San José donde tuvieron amplio impacto las ideas más novedosas del pensamiento filosófico, político y científico de la Ilustración, en el siglo XVIII, el Siglo de las Luces.

Allí, precisamente, se formó la generación que luego sería protagonista de las luchas de la Independencia del imperio español con personajes como Francisco José de Caldas, Camilo Torres, Francisco Antonio Zea, José María Cabal, Joaquín de Caycedo y Cuero y Francisco Antonio Ulloa hombres de política, estudio y estado. El pensamiento en la vida republicana e independiente de Colombia se generó en buena proporción en la Universidad del Cauca, de tal manera que la historia de la independencia de Colombia y sus inicios como república independiente confluye con la historia de la universidad.

A semejanza de esos tiempos, la Universidad del Cauca sigue siendo una institución de conocimiento, progreso y foro de libre análisis de las circunstancias y alternativas de la vida social, defensora del discurrir democrático de Colombia, a la vez que ha promovido, de manera incesante, la libertad de expresión y la participación ciudadana. En la última década se ha distinguido por el dinamismo de su estructura investigativa.