El desarrollo industrial del país y la creación de nuevas facultades en la Universidad del Cauca durante los años 60 impulsaron la necesidad de fortalecer la enseñanza de las matemáticas. La apertura de la Facultad de Electrónica y Telecomunicaciones (1961) y de la Facultad de Contaduría Pública (1968) incrementó la demanda de docentes en ciencias básicas, especialmente en matemáticas y estadística, lo que llevó a la creación del Departamento de Matemáticas en 1969, inicialmente adscrito a Ingeniería y posteriormente independiente en 1972. Este proceso se consolidó con la apertura de la Licenciatura en Matemáticas, que unificó el desarrollo de la matemática pura y aplicada, amplió la planta docente y promovió la formación avanzada de profesores.

Con el paso de los años, la reorganización académica que agrupó los departamentos de Ciencias Básicas en la Facultad de Ciencias Naturales, Exactas y de la Educación, la creación de programas de pregrado y posgrado en diversas áreas y las políticas de investigación y proyección social fortalecieron al Departamento de Matemáticas. Actualmente, su reto principal es orientar sus políticas y planes de desarrollo en coherencia con el Proyecto Educativo Institucional, articulando la docencia y la investigación para fomentar pensamiento crítico y creativo en los estudiantes, impulsar la investigación formativa y generar conocimiento socialmente útil y universalmente nuevo.