La Unidad de Microscopía Electrónica (UME) fue creada en 1989 como parte del plan de reconstrucción de la Universidad del Cauca, posterior al terremoto de Popayán ocurrido en 1983. La UME está ubicada en el Museo de Historia Natural de la Universidad del Cauca. Desde sus inicios, ha desarrollado actividades de docencia, investigación y prestación de servicios a la comunidad, inicialmente mediante diagnóstico patológico, servicio que años después fue suspendido con la aprobación de la Ley 100.

En la actualidad, la UME mantiene su labor en docencia, investigación y prestación de servicios en el ámbito de las ciencias básicas para la comunidad universitaria regional y del país, y apoya el desarrollo de proyectos acordes con sus líneas de investigación vigentes. La Unidad cuenta con infraestructura adecuada para el análisis de muestras de naturaleza biológica y no biológica mediante microscopía óptica de alta resolución, microscopía electrónica de transmisión y de barrido, así como un sistema de captura y análisis de imágenes. Este equipamiento ha sido fortalecido de manera continua a través de proyectos de investigación y de fortalecimiento de laboratorios de ensayo, financiados por el Ministerio de Ciencia y el Sistema General de Regalías. Asimismo, la Unidad también cuenta con el Grupo de Investigación en Microscopía y Análisis de Imágenes, que contribuye al fortalecimiento de sus actividades académicas y científicas. Su talento humano cuenta con un alto nivel de formación académica, principalmente a nivel de maestría y doctorado, lo que ha permitido brindar apoyo a la investigación en programas de pregrado y posgrado de la Universidad del Cauca.

Por su naturaleza, la UME es una unidad de apoyo a diversas actividades académicas, especialmente a la investigación, y facilita su infraestructura para las propuestas de los diferentes Departamentos de la Universidad. La Unidad no actúa como entidad financiadora de proyectos de investigación; no obstante, su personal puede presentar o participar en proyectos en calidad de investigadores o coinvestigadores.